Hazret-i İsa’nın (a.s.) elçileri Antakya’ya geldiklerinde orada yaşayan kavmin zulmüyle karşılaştılar. O esnada “şehrin öbür ucundan bir adam koşarak geldi. Ve dedi ki; Ey kavmim, uyun bu resüllere.” Sonra bu zât elçilere “Siz bu risâlet vazifesi karşılığında herhangi bir ücret istiyor musunuz?” diye sual etti. Elçi “Hayır, biz onun karşılığında bir ücret istemiyoruz, biz sadece söylediklerimize uyulmasını istiyoruz.” dediler. Bunun üzerine o zat; “Uyun, sizden bir ecir istemeyen o zatlara ki onlar hidayete ermişlerdir…” (Yasin Suresi, 20 -22)
Antakya’da Hazreti Allah’a ilk iman ederek, Hazreti isa’nın elçilerini koruyan bu zât, ibni Abbas’tan rivayet olunduğuna göre, Habibi Neccar Hazretleri’dir. Gönderilen elçilere iman ettiği için kavmi tarafından elçilerle beraber, o da şehit edilmiştir. Bu büyük zâta hürmet için, Anadolu’da ilk inşa edilen bu mimari esere Habibi Neccar Hazretleri’nin ismi verilmiştir.
Antakya, miladi 636 yılında Hazreti Ömer’in kumandanlarından ve sahabenin büyüklerinden Ebu Ubeyde bin Cerrah ve Halid bin Velid (r.a.) tarafından fethedilerek, islam beldesi haline getirilmiştir. Bu tarihlerde yapımına başlanan ve Habib-i Neccar Hazretlerinin ismi verilen camii, Müslümanların Anadolu’da inşa ettiği ilk mimari eser unvanına sahiptir.
Önce tekke şeklinde inşa edilmiş, sonradan camiye çevrilmiştir. Daha sonra birçok kez restore edilmiştir. Külliye içerisinde bir cami, 12 hücreli bir medrese ve şadırvan bulunmaktadır. Caminin kuzeydoğusunda ise Hazreti isa’nın iki resülünün ve Habibi Neccar Hazretleri’nin türbeleri bulunmaktadır.
969 yılına kadar ibadet edilen cami, haçlı seferleri sırasında Antakya’nın Hristiyanlar’ın eline geçmesiyle kiliseye çevrilmiştir. 1084 yılında şehri tekrar fetheden Selçuklu hükümdarı Süleyman Şah zamanında tekrar aslına çevrilip, cami olma şerefine ulaşmıştır. Cami bu günkü son halini 1857’de Osmanlı Devleti zamanında almıştır.
